Жолкевский подверг казацкий лагерь артиллерийскому обстрелу. В течение двух недель казаки удерживали натиск поляков, в конце концов некоторые из них решили сдаться. Согласно условиям сдачи, казаки должны были выдать полякам Наливайко и остальных зачинщиков, а также сдать свои знамена и орудия. Кремпский отказался принять эти условия, и ему удалось бежать в Запорожье с 1500 всадников. Оставшимся казакам и их семьям было обещано прощение, но польские солдаты, разъяренные упорным сопротивлением, перебили большую часть безоружной толпы. Зачинщики были привезены во Львов и казнены там — за исключением Наливайко, которого взяли с собой в Варшаву, подвергли в тюрьме пыткам, после чего публично обезглавили.

Поляки пытались закрепить свою победу с помощью чрезвычайных указов, направленных на полное подавление возможного сопротивления казаков. Весной 1597 г. сейм провозгласил казаков врагами и противниками отечества. Польскому гетману было поручено уничтожить их раз и навсегда и конфисковать их собственность. Эту программу нельзя было провести в жизнь; и четырьмя годами позже сейм был вынужден отменить это решение.

Проникнуть в Запорожье, чтобы уничтожить сечь, сила которой была не в укреплениях, а в людях, было не так то просто. Даже если бы ее разрушили, она бы быстро возродилась, так как людей, заинтересованных в этом, было достаточно. В этом смысле сечь была неуничтожимой. За спиной небольшой группы вооруженных запорожских воинов стояло быстро растущее население Южной Украины. Не только крестьяне, но и мелкопоместные дворяне и многие горожане питали симпатии к казакам. Фактически все, кто страдал от правительства и вельмож, начали смотреть на казаков как на защитников прав народа.

Для поляков единственным путем подорвать силу казаков было улучшение положения украинских крестьян, поддерживающих казацкое движение. Но этого поляки сделать не могли, поскольку их власть на Украине базировалась на привилегиях шляхты и закрепощении крестьян.

За этим социальным конфликтом вырисовывались религиозная и национальная проблемы. Значительную часть украинской шляхты постепенно все больше и больше привлекал польский образ жизни и римский католицизм. С другой стороны, многие мелкопоместные дворяне, горожане и практически все крестьяне придерживались своей православной веры. Поляки понимали, что наиболее надежный путь — психологически приспособить западнорусских крестьян к польскому порядку с помощью подрыва традиционной религиозной независимости их церкви и подчинения ее владычеству папы.